Сегодня прочитал разъяснение по поводу сабж от сотрудника Microsoft.
Directory это файловый каталог.
Folder это некое виртуальный набор, объединяющий объекты (в том числе и файлы).
Т.е. directory это некое подмножество folder. Всякие Printers или Control Panel это всегда folder. Зато C:\Program Files это можно назвать и folder, и directory